Shopify ペイメントとは｜手数料・入金の流れと、ほかの決済との組み合わせ

Shopify ペイメントは、Shopifyに最初から入っている決済の機能です。ストアの管理画面で有効にすれば、外部の決済会社と別に契約しなくても、クレジットカードやApple Pay、Google Pay、Shop Payで支払いを受けられます。

「Shopify ペイメント」で検索すると、上位には決済会社の解説記事が多く並びます。自社の決済サービスに案内する内容が中心で、料率や入金の説明が古いままのものも見かけます。この記事では、Shopifyのヘルプと料金ページをもとに、手数料、使うための条件、入金の流れ、ほかの決済と組み合わせたときの手数料を、ストアを運営する側の目線でまとめます。

当社（株式会社ULTRO）が運営している海外向けのストア「the MA walls」での設定も、あわせて紹介します。内容は2026年10月11日時点のものです。

Shopify ペイメントとは？使える支払い方法

Shopify ペイメントで受けられる支払い方法は、次のとおりです（日本のストアの場合）。

支払い方法	内容
クレジットカード	Visa、Mastercard、American Express、JCB。JCBを有効にすると、Diners ClubとDiscoverも受けられる
Apple Pay・Google Pay	Shopify ペイメントを有効にすると、自動でオンになる
Shop Pay	Shopifyの購入者向けのアカウントで、住所とカードを保存して支払える。これも自動でオンになる

公式ヘルプの日本向けの支払い方法のページに、コンビニ払い、銀行振込、PayPay、後払いは載っていません。これらを使いたい場合は、外部の決済サービスを追加します（後の章で説明します）。

ほかに、日本のストアならではの制約が2つあります。

• JCBは日本円の取引だけ：有効にするときの審査に、最大3週間かかることがあります
• 実店舗のPOSには使えない：日本ではオンラインの販売だけが対象です

Shop Payの仕組みや、お客様からよく聞かれることはShop Payの記事にまとめています。

ULTRO NOTES｜サイト構築・改善Shop Payとは｜仕組み・手数料・日本で使える機能と、導入の判断Shop Payは、Shopifyのストアで配送先と支払い方法の入力を省ける決済方法です。仕組み、ストア側の要件と手数料、日本で使える機能と使えない機能、買う人からよく聞かれる質問への答えを、2026年10月時点の情報でまとめました。

手数料はいくら？

Shopify ペイメントの手数料は、プランによって変わります。

プラン	国内発行のVisa・Mastercard・JCB	American Express・海外発行のカード
Basic	3.55%	3.9%
Grow	3.4%	3.85%
Advanced	3.25%	3.8%
Plus	2.9%	3.75%

1件ごとの固定の手数料はありません。Shopify ペイメントで受けた決済には、Shopifyの「取引手数料」もかかりません。

どのプランが安くなるかは、月額と手数料の合計で比べます。月商ごとの試算はShopifyの料金の記事で計算できるようにしています。

ULTRO NOTES｜サイト構築・改善Shopifyの料金と、EC運営にかかる総額Shopifyの月額はBasicが4,850円、Growが13,500円、Advancedが58,500円。ただし費用で大きいのは決済手数料です。プラン別の料金と手数料、月商別の試算、アプリや構築費を含めた総額の見方をまとめます。

取引手数料がかかる決済、かからない決済

手数料でいちばん間違えやすいのが、取引手数料です。Shopify ペイメント以外の決済サービスを使った注文に、Shopifyがかける手数料で、Basicが2%、Growが1%、Advancedが0.6%、Plusが0.2%です。決済サービス自体の手数料とは別にかかります。

ただし、Shopify ペイメントを有効にしていれば、取引手数料がかからない決済があります。

表にすると次のとおりです。

決済	Shopifyの取引手数料	ほかにかかる手数料
Shopify ペイメント（カード・Apple Pay・Google Pay・Shop Pay）	かからない	Shopify ペイメントの手数料
PayPal	かからない	PayPalの手数料
手動の決済（銀行振込、代金引換など）	かからない	振込や代引きの費用
外部の決済サービス（コンビニ払い、後払い、PayPayなど）	かかる	その決済サービスの手数料

外部の決済サービスの注文が多いほど、取引手数料の低い上のプランが有利になります。たとえばBasicで、手数料3.5%の外部の決済サービスを使うと、合わせて5.5%が引かれます。

使うための条件と、審査

決済会社の記事には「審査不要」と書かれているものがありますが、正確ではありません。別に申込書を出す手続きはないものの、有効にするときに本人と事業の確認があります。

項目	内容
事業者	個人事業主は日本の住所、法人は日本で登記されていて日本の事業所の住所がある。法人は13桁の法人番号を入れる
本人確認書類	パスポート、運転免許証（表と裏）、在留カード、顔写真付きのマイナンバーカードのいずれか。本人が原本を撮った写真に限る
確認にかかる時間	最大24時間。確認が終わるまで入金が保留されることがある
そのほか	2段階認証を有効にする。特定商取引法に基づく表記をストアに載せる

扱えない商品やサービスは、Shopify ペイメントの利用規約で決まっています。日本向けの一覧のページは見つからなかったので、扱う商材に心配があれば、有効にする前に規約を確認してください。

入金はいつ？

売上が銀行口座に入るまでの流れは、次のとおりです。

項目	内容
入金の間隔	週ごとか月ごとから選ぶ。週ごとは月〜金のどの曜日にするかも選べる。日ごとはない
入金までの日数	決済から5営業日に、次の入金日までの日数を足した期間。口座に反映されるまでさらに1〜3日
最低入金額	5円
入金の通貨	円だけ。口座は円の普通預金が前提
口座を変えたとき	4日間、入金が止まる
残高がマイナスになったとき	口座からは引き落とされず、その後の売上と相殺される

決済会社の記事には「日曜締め・翌週金曜入金」「週ごとは金曜だけ」と書かれているものがありますが、いまのヘルプでは曜日を選べます。

このほか、Shopifyが必要と判断したときに、売上の一部を一定期間とどめておく「保留金」がかかることがあります。決まった額をとどめる形と、売上の一定の割合をとどめる形があり、条件はメールで知らされます。

入金のタイミングは、仕入れや広告費の支払いに影響します。売上が立ってから現金が入るまで、週ごとの入金でも1週間以上かかる前提で、資金繰りを組んでおきます。

海外のお客様に売るときの通貨換算手数料

お客様の国の通貨で価格を出して売ると、入金のときに円に換算され、通貨換算の手数料がかかります。日本のストアでは2%です。

2026年4月6日から、この手数料は注文の合計額に料率を直接かける計算に変わりました。また、返金やチャージバックのときも、すでに払った換算手数料は戻りません。

海外発行のカードの料率も国内より高いので、海外向けの売上には「海外カードの料率＋通貨換算の2%」がかかる前提で、価格を決めます。海外向けの決済や関税の考え方は越境ECの記事にまとめています。

ULTRO NOTES｜サイト構築・改善越境ECの始め方｜決済・配送・関税・表示で最初に決めること越境ECとは、海外のお客様にネットで商品を売ることです。始め方の3つの形と、最初に決める決済・配送・関税・表示のポイントを、Shopifyの機能と2025年以降の制度の変化（米国の少額免税の停止、EUのGPSR）をふまえて、自社で海外向けストアを運営している立場からまとめます。

チャージバックが起きたら

チャージバックは、カードの持ち主がカード会社に支払いの取り消しを申し立てることです。身に覚えのない請求や、商品が届かないといった理由で起きます。

• 申し立てを受けると、その金額と手数料1,300円が次の入金から差し引かれる
• 管理画面から、配送の記録やお客様とのやりとりなどの証拠を出して反論できる。期限は通常7〜21日
• カード会社の判断までに最大75日かかる。反論が認められれば手数料も戻る
• カード会社の判断は最終で、不服の申し立てはできない

不正な注文を減らすには、注文ごとの「不正分析」の表示（リスクが低・中・高の3段階）を見て、高リスクの注文は発送前に確かめます。

ほかの決済と組み合わせる

日本のお客様には、カードを持っていない、使いたくないという人が一定数います。ネットショップ運営の本『ひとりEC』で著者は、受注率を上げる手段のひとつとして、コンビニ払いやスマートフォンの決済などの決済方法を増やすことを挙げています（2022年刊）。

Shopifyで足すときの考え方は、次のとおりです。

足したい決済	方法	取引手数料
PayPal	決済の設定でPayPalを有効にする	かからない
銀行振込・代金引換	決済の設定で「手動の決済方法」を追加する	かからない
コンビニ払い、PayPay、後払い、Amazon Payなど	外部の決済サービス（KOMOJUなど）のアプリを入れる	かかる

足すほど、お客様が選べる方法は増えますが、外部の決済サービスの注文には取引手数料が上乗せされます。どの決済を足すかは、問い合わせやカゴ落ちの理由で「その支払い方法がない」という声が実際にどれだけあるかを見て決めるのが確実です。カゴ落ちの理由の調べ方はカゴ落ちの記事で説明しています。

ULTRO NOTES｜CRMカゴ落ちとは？率の測り方とShopifyでの対策手順カゴ落ちとは何かを、よく引用される平均70%という数字の中身から整理します。自社のカゴ落ち率をShopifyの管理画面で出す手順、標準機能だけでカゴ落ちメールを送る方法、送っていい相手かどうかの判断までまとめました。

利益の計算では、注文ごとの費用に入れる

決済の手数料は、売上に比例してかかる費用です。マーケティングの本『ファンダメンタルズ×テクニカルマーケティング』では、粗利から送料・決済手数料・同梱物・梱包といった注文ごとにかかる費用を引いて、利益を段階的に見る方法が紹介されています。決済の手数料は、月額の固定費ではなく、この「注文ごとの費用」に入れて、商品ごとや広告ごとの利益を出すときに引いておきます。

当社のストアでの設定

the MA wallsでは、次のように設定しています。

項目	設定
決済	Shopify ペイメント（カード、Shop Pay、Apple Pay、Google Pay）と、PayPal
基準の通貨	米ドル。お客様の国の通貨での表示もオン
入金	円

海外のお客様向けのストアなので、コンビニ払いのような日本向けの決済は入れていません。外部の決済サービスを使っていないので、取引手数料はかかっていません。

基準の通貨を米ドルにしていても、入金は円です。米ドルの売上が円に換算されるので、通貨換算の手数料と為替の動きは、価格を決めるときに見込んでいます。

有効にする前に確かめること

• テストモードで注文を通す：有料プランならテストモードで試せます。テストの購入は1米ドル相当以上が必要です。本番のストアで出したままにしないように気をつけます
• 特定商取引法に基づく表記を載せる：Shopify ペイメントを使う条件です
• 入金の曜日を決める：仕入れや広告費の支払い日に合わせて選びます
• ほかの決済を足すか決める：足すなら取引手数料を見込んで、プランを選び直します

参考にした情報

• Shopify ペイメント（Shopifyヘルプセンター）
• 日本のShopify ペイメントの要件（Shopifyヘルプセンター）
• 日本で使える決済方法（Shopifyヘルプセンター）
• 日本の入金（Shopifyヘルプセンター）
• 入金スケジュール（Shopifyヘルプセンター）
• 保留金（Shopifyヘルプセンター）
• 通貨換算の計算方法（Shopifyヘルプセンター）
• チャージバックの流れ（Shopifyヘルプセンター）
• 外部の決済サービス（Shopifyヘルプセンター）
• Shopify ペイメントのテスト（Shopifyヘルプセンター）
• 料金プラン（Shopify）
• ひとりEC 個人でも売上を大きく伸ばせるネットショップ運営（三浦卓也）
• ファンダメンタルズ×テクニカルマーケティング（木下勝寿）